三七染色体水平基因组组装和 GWAS
三七 (P. notoginseng) 是一种具有显着经济和治疗价值的药草，长期以来一直对其活性化合物进行研究，特别是人参皂苷，它具有多种药理功效。在我们发表在 iScience 上的最新研究中，我们提出了 P 的染色体水平基因组组装。三七，为基因组进化、人参皂苷生物合成和农艺性状关联提供重要见解。
主要发现
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高质量基因组组装：
使用 Nanopore、PacBio 和 Hi-C 测序，我们生成了 2.24 Gb 基因组组装体，与之前的组装体相比，实现了卓越的连续性。
该组装将 88.89% 的序列锚定到 12 条染色体上，显着提高了遗传研究参考基因组的准确性。 -
Panax 特异性全基因组重复 (WGD)：
与人参和胡萝卜的比较分析表明，两种谱系特异性 WGD 有助于基因组扩展以及转座元件 (TE) 增殖。 -
已鉴定人参皂苷生物合成途径基因：
我们注释了参与人参皂苷生产的关键基因，包括CYP716和UGT基因，它们在生物合成途径中发挥作用。 -
农艺性状全基因组关联研究 (GWAS)：
- 63 个与根干重相关的基因
- 168 个与茎粗细相关的基因
- 几个可能有助于抗病性的候选基因
这些发现为旨在提高药用植物产量和恢复力的育种计划提供了有价值的遗传标记。
思考
范光义是我们团队的重要成员，目前在华大基因青岛领导海洋基因组学研究。在进入这一领域之前，他的主要关注点是植物基因组学，为一系列基因组组装项目做出了贡献。
当我们与澳门大学的李西蒙教授联系时，出现了一个机会，促成了一项合作研究计划，该计划从基因组研究扩展到人才开发。在广益的高效协调下，我们成功获得了研究经费，启动了科研项目，并加强了培训项目。
澳门大学的中医药研究是全国最先进的之一，使其成为我们三七基因组计划的理想合作伙伴，该计划也是范光义博士研究的一部分。通过这次合作，我们不仅增强了对人参皂苷生物合成的理解，而且将植物基因组学与医学应用联系起来，强调了基因组研究在传统医学中的更广泛影响。
这项研究的全文可以在线访问iScience。