暹罗斗鱼染色体水平参考基因组
暹罗斗鱼（Betta splendens）以其高度攻击性行为而闻名，是研究硬骨鱼类攻击性和行为性状遗传基础的宝贵模式物种。然而，高质量参考基因组的缺失此前阻碍了更深入的遗传和演化研究。在我们发表于 GigaScience 的最新研究中，我们展示了首个 B. splendens 染色体水平基因组组装，为比较研究和行为遗传学提供了必要的基因组资源。
主要发现
- 高质量的基因组组装：
- 组装的基因组跨度 465.24 Mb，N50 支架大小为 949.03 Kb。
- 利用 Hi-C 测序，我们成功将 93% 的组装序列锚定到 21 条染色体上，提供了更完整、结构化的基因组参考。
- 比较基因组学与染色体保守性：
- B. splendens 与 Oryzias latipes 之间的染色体图谱揭示了强烈的染色体保守性，以及三条染色体上的重排事件。
- 我们注释了 23,981 个蛋白质编码基因，并得到多个组织（脑、肝、肌肉、心脏）RNA 测序数据的支持。
- 攻击性的遗传基础：
- 对 五个不同 B. splendens 品种的全基因组重测序使我们检测到 340 万个单核苷酸变异（SNV）和 27,305 个插入/缺失（indel）。
- 鉴定出 NLRP3（炎症反应）、TRIM47（应激调控）和 AVPR2（加压素受体） 的基因家族扩张，可能与攻击性相关行为有关。
思考
这项研究是与澳门大学 Simon Lee 教授团队合作开展的，是我们更广泛的基因组研究计划的一部分。我们团队主导了测序和数据分析工作，利用高通量基因组技术为硬骨鱼类行为遗传学建立了基础参考。这个项目是探索攻击性背后的基因组机制的重要一步，为比较基因组学和演化研究提供了宝贵数据。
本研究的全文可在 GigaScience 在线获取。